Su familia siempre fue muy tradicional y unida: su apodo de “El potrillo” viene de que el rancho de su padre recibiera el nombre de “Los tres potrillos”, en honor a sus hijos varones Vicente Jr., Gerardo y Alejandro. Además, tiene una hermana llamada Alejandra.
Sin embargo, la imagen de unidad familiar se desmoronó en junio de 2015, cuando Fernández confesó públicamente que su padre había abusado física y psicológicamente de él.
Además de su inclinación musical heredada, Alejandro estudió Arquitectura en la Universidad del Valle de Atemajac. Él y su familia participaron en la construcción de la Arena VFG, cuyo verdadero nombre es “Lienzo Charro y Centro de Espectáculos DonVicente Fernández Gómez”, y que cuenta con una capacidad de once mil personas y se dedica a espectáculos masivos.
En lo personal, Alejandro Fernández tuvo tres hijos con América Guinart, su primera esposa, y dos con Ximena Díaz, su última novia. Hoy en día es uno de los cantantes mexicanos más reconocidos a nivel internacional.